II wojna czeczeńska (, w Rosji oficjalnie obszar operacji antyterrorystycznych w regionie Północnego Kaukazu, Федеральный закон от 12.01.1995 N 5-ФЗ «О ветеранах», приложение, раздел III.) – konflikt zbrojny prowadzony od 11 października 1999 do 15 kwietnia 2009 roku między Federacją Rosyjską a separatystami czeczeńskimi. Wojna składała się z dwóch faz: pierwszej trwającej od października 1999 do kwietnia 2000, mającej charakter wojny regularnej, oraz drugiej trwającej od kwietnia 2000 do kwietnia 2009 roku, noszącej znamiona wojny partyzanckiej.

Separatyści czeczeńscy od 2007 roku zabiegali o utworzenie muzułmańskiego, ponadetnicznego państwa wyznaniowego, mającego obejmować niemal całe terytorium Kaukazu Północnego. Samozwańczy Emirat Kaukaski został uznany za organizację terrorystyczną nie tylko przez Rosję, ale również przez ONZ, Unię Europejską i USA. Wojna została zakończona pełną reintegracją Republiki Czeczeńskiej z Federacją Rosyjską. Jej kontynuacją był konflikt na Kaukazie Północnym toczony w latach 2009–2017 (choć o zlikwidowaniu ostatniej grupy czeczeńskich bojowników poinformowano dopiero w 2021).

Geneza thumb|left|Kadeci Gwardii Narodowej Czeczeńskiej Republiki Iczkerii, 1999 W okresie faktycznej niezależności Czeczeńskiej Republiki Iczkerii (formalnie pozostawała częścią Federacji Rosyjskiej) po częściowo wygranej przez Czeczenów pierwszej wojnie na Kaukazie Północnym, w latach 1996–1999 doszło na jej terytorium do pogłębienia się kryzysu prawnego, politycznego i zbrojnego. Pomimo wprowadzenia prawa szariatu przez prezydenta separatystów Asłana Maschadowa, nie udało się powstrzymać wzrostu działalności kryminalnej i rozkładu republiki na niewielkie terytoria rządzone przez zwalczające się wzajemnie klany. Północne klany czeczeńskie opowiedziały się w dodatku przeciwko wprowadzeniu szariatu. Instytucje państwowe przestały mieć wpływ na rozwój wydarzeń w republice. Wkroczenie oddziałów czeczeńskich pod dowództwem Szamila Basajewa i mudżahedinów Chattaba do sąsiedniego Dagestanu pod hasłem ustanowienia na całym Północnym Kaukazie islamskiego kalifatu (zgodnie z zamysłem wahabitów), doprowadziło do wybuchu II wojny czeczeńskiej. Dodatkowymi powodami wybuchu wojny była działalność kryminalna separatystów na terytorium całej Rosji: kontakty czeczeńskich mudżahedinów z Al-Ka’idąQE.E.131.11. EMARAT KAVKAZ, Security Council Committee pursuant to resolutions 1267 (1999) and 1989 (2011) concerning Al-Qaeda and associated individuals and entities, 29 lipca 2011. i wywiadami obcych państw, handel ludźmi i porwania dla okupu, eskalacja ekstremizmu religijnego oraz ataki terrorystyczne, m.in. zamachy bombowe w Moskwie, Riazaniu i Wołgodońsku w sierpniu i wrześniu 1999 roku, o które oficjalnie obwiniono czeczeńskich separatystów, choć według niektórych hipotez w zamachy mogły być zamieszane również służby specjalne, terroryści zagraniczni lub niektórzy biznesmeni i politycy. Jak zauważa politolog Aleksiej Małaszenko, II wojna czeczeńska miała dla rosyjskiego rządu charakter instrumentalny, a jej celem było umocnienie władzy Putina, który właśnie objął stanowisko pełniącego obowiązki prezydenta Federacji Rosyjskiej.

Walki thumb|Rosyjska piechota w walce, 19 grudnia 1999 thumb|Rosyjska artyleria prowadząca ostrzał pozycji czeczeńskich, 2 grudnia 1999 thumb|Rosyjskie czołgi i transportery opancerzone na drodze do Groznego, 18 listopada 1999 thumb|Rosyjskie działa pancerne wjeżdżają do wsi Komsomolskoje Po wyparciu oddziałów separatystów czeczeńskich i islamistów z Dagestanu, wojska rosyjskie przystąpiły do kontynuacji kontrofensywy na terytorium Czeczenii. Na początku konfliktu, od września 1999 do stycznia 2000 roku wykorzystywano zmasowane naloty lotnicze na wybrane cele. W okresie tym doszło do całkowitego zniszczenia ciężkiego sprzętu wojskowego będącego na wyposażeniu separatystów i islamistów. Rosyjskie oddziały lądowe przekroczyły granicę Republiki Czeczeńskiej 1 października 1999 i szybko zajęły nizinną część kraju do rzeki Terek, nie napotykając większego oporu. Na brzegu Tereka wojska federalne zatrzymały się i dokonały przegrupowania. Na początku grudnia pod kontrolą wojsk federalnych znajdowało się już ponad 50% terytorium republiki. Po otoczeniu przez oddziały rosyjskie Groznego 6 grudnia 1999 wezwano mieszkańców miasta do jego opuszczenia, zapowiadając, że osoby pozostające w mieście będą uważane za terrorystów i bandytów i zostaną zniszczone przez artylerię i lotnictwo. Szturm rozpoczęto 26 grudnia 1999. Oddziały separatystów w sile ponad 2 tysięcy, ponosząc poważne straty na polach minowych, opuściły miasto w nocy z 31 stycznia na 1 lutego 2000. Po zakończeniu walk w mieście ONZ nazwał Grozny najbardziej zniszczonym miastem na świecie. 29 lutego 2000 siły federalne zajęły ostatnie miasto pozostające w rękach separatystów – Szatoj. Armia rosyjska ogłosiła zwycięstwo, które stało się elementem kampanii wyborczej dotychczasowego premiera Władimira Putina w rosyjskich wyborach prezydenckich w marcu 2000 roku. W kwietniu tego samego roku zakończyły się regularne działania bojowe, a wszystkie miasta i wsie obsadziły siły federalne.

Zakończenie wojny i wybory W 2002 roku, pomimo trwania walk partyzanckich, Rosja oficjalnie ogłosiła zakończenie działań wojennych i zaczęła stopniowo wprowadzać w Czeczenii za pomocą działań politycznych plan normalizacji w celu zmarginalizowania i pozbawienia legitymacji wyborczej nieujętego prezydenta separatystów Asłana Maschadowa. Podstawowymi elementami planu było przekazanie kierownictwa operacji z rąk wojska do MSW, stopniowe usunięcie z Czeczenii dowódców federalnych z okresu wojny, nowa konstytucja i wybory prezydenckie, pięciokrotnie ogłaszana amnestia oraz włączenie 20 tysięcy Czeczenów (w tym według źródeł rosyjskich 5 tysięcy byłych separatystów, którzy ujawnili się i przeszli weryfikację) do struktur utworzonego oficjalnie w 2002 MSW Czeczenii, a także armii federalnej i republikańskiej administracji. Projekt konstytucji przedłożył Achmat Kadyrow – poprzednio Wielki Mufti Czeczenii i jeden z dowódców polowych, po przejściu na stronę sił federalnych w 1999 od 2000 szef prorosyjskiej administracji republiki. Przyjęto ją w referendum z 23 marca 2003 – weszła w życie 2 kwietnia 2003. Stwierdza ona jednoznacznie, że Republika Czeczeńska jest integralną częścią Federacji Rosyjskiej. Kadyrow wygrał wybory prezydenckie 5 października 2003 – ich uczciwość i ważność była kwestionowana przez obecnych międzynarodowych obserwatorów (m.in. OBWE).

W wyniku zamachu separatystów Achmat Kadyrow zginął 9 maja 2004 na stadionie w Groznym podczas obchodów Dnia Zwycięstwa. Obowiązki prezydenta przejął premier Siergiej Abramow, a Ramzan, syn Achmata i dotychczasowy szef służby bezpieczeństwa, został mianowany wicepremierem (premierem został w marcu 2006). Termin wyborów prezydenckich wyznaczono na 29 sierpnia tego roku. Początkowo za ich faworyta obserwatorzy uważali Ramzana Kadyrowa – tuż po zamachu prezydent Władimir Putin przyjął go na Kremlu, ale dość szybko uznano za istotną przeszkodę fakt, że nie ukończył wymaganych przez konstytucję 30 lat i nie posiada nadzwyczajnych walorów intelektualnych i politycznych. Wśród faworytów wymieniano też lojalnego wobec Moskwy generała milicji i ministra spraw wewnętrznych Ału Ałchanowowa, który ostatecznie wygrał wybory. Choć władze promoskiewskie twierdziły, iż nie zanotowano rażących naruszeń prawa wyborczego, organizacje międzynarodowe miały jednak szereg zastrzeżeń do przebiegu wyborów. W listopadzie 2005 w Czeczenii przeprowadzono wybory do obu izb parlamentu republiki – mogły w nich startować jedynie partie, które uznają, że Czeczenia jest częścią Federacji Rosyjskiej. Wybory wygrała partia Zjednoczona Rosja, do parlamentu weszły też Komunistyczna Partia Federacji Rosyjskiej i Sojusz Sił Prawicowych.

Terroryzm W związku z niemożnością pokonania sił rosyjskich w konwencjonalnej wojnie, po zakończeniu aktywnej fazy konfliktu część czeczeńskich separatystów przyjęła ataki terrorystyczne za nową metodę walki, stosowaną w celu wymuszenia ustępstw na rosyjskim rządzie. Jedną z najgłośniejszych tego typu akcji był atak na moskiewski teatr na Dubrowce w październiku 2002 roku, gdzie w czasie akcji odbijania zakładników zginęło ok. 170 osób (większość z powodu zatrucia nieznanym środkiem użytym przez rosyjskie siły specjalne do obezwładnienia terrorystów). W sierpniu 2004 nastąpiło wysadzenie dwóch cywilnych rosyjskich samolotów przez kobiety-samobójczynie, tzw. szahidki oraz zamach w metrze moskiewskim.

Najkrwawszą akcją czeczeńskich terrorystów było zajęcie szkoły w Biesłanie 1 września 2004 roku, które w wyniku działań zamachowców i nieudolnie przeprowadzonego szturmu rosyjskich oddziałów specjalnych, lokalnej milicji oraz miejscowej uzbrojonej ludności zakończyło się śmiercią ok. 330 osób z przypuszczalnych liczby ponad 1000 zakładników (w większości dzieci), a także zranieniem setek innych osób. Do zamachu na szkołę w Biesłanie przyznał się dowódca czeczeńskich oddziałów zbrojnych Szamil Basajew. Prezydent Iczkerii Asłan Maschadow oficjalnie wielokrotnie odcinał się od tych taktyk. Potępił również zamach w Biesłanie i stwierdził, że gdy Czeczenia będzie niepodległa, Basajew stanie przed sądem za ten czyn.

Separatystyczny prezydent Maschadow został zabity przez oddziały FSB w marcu 2005 roku. W czerwcu 2006 zabito jego następcę Abduł-Chalima Sadułajewa. Następcą Sadułajewa został Doku Umarow, który mianował Szamila Basajewa wiceprezydentem Iczkerii. 10 lipca 2006 roku Basajew zginął w Inguszetii podczas przewożenia dużej ilości materiałów wybuchowych. Po śmierci „terrorysty nr 1 na Kaukazie” władze rosyjskie zaczęły przyjmować kurs na wygaszanie konfliktu. 15 września 2006 roku ogłoszono trwającą do 15 stycznia 2007 powszechną amnestię, w wyniku której ujawniło się kilkuset separatystów – uczestników I i II wojny czeczeńskiej oraz osób udzielających im pomocy.

Zakończenie działań wojennych thumb|Dmitrij Miedwiediew rozmawia z Aleksandrem Bortnikowem nt. zakończenia operacji w Czeczenii (27 marca 2009) thumb|left|Władimir Putin podczas ceremonii wycofania 331 Gwardyjskiego Pułku Spadochronowego z Czeczenii. Chankała, 20 marca 2000

27 marca 2009 odbyło się spotkanie prezydenta Rosji Dmitrijа Miedwiediewа z dyrektorem Federalnej Służby Bezpieczeństwa Aleksandrem Bortnikowem. W wyniku rozmów 16 kwietnia 2009 oficjalnie zakończyła się wojna w Czeczenii. Od tego czasu rozpoczęło się wycofywanie liczącego 20 tysięcy żołnierzy kontyngentu wojsk federalnych.

Dzień później po ogłoszeniu przez Rosję zwycięstwa nad terroryzmem w Czeczenii, wydarzył się incydent pod wsią Daj w okręgu Szatoj między rebeliantami a armią rosyjską. W starciu nikt nie ucierpiał, ale wydarzenie to mogło świadczyć, że sytuacja w tym regionie Rosji nie była do końca znormalizowana.

Mimo oficjalnie ogłoszonego pokoju, sztab generalny zdecydował się rozpocząć 23 kwietnia 2009 kolejną operację wojskową w górskim rejonie Szali, Szatoj, Wiedieno i Serżen-jur. Według Rosji stało się to, ponieważ w Czeczenii odkryto działalność nielegalnych formacji zbrojnych.

Naruszenia praw człowieka Według organizacji obrony praw człowieka Amnesty International, II wojna czeczeńska charakteryzowała się systematycznymi naruszeniami praw człowieka, w tym pozasądowymi egzekucjami i torturami, popełnianymi zarówno przez siły rosyjskie, jak i czeczeńskich bojowników. Większość tych zbrodni pozostaje bezkarna, choć w niektórych przypadkach ofiary mogły uzyskać odszkodowania od rządu rosyjskiego na mocy orzeczeń Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

Straty thumb|Masowy grób w Czeczenii, luty 2000 thumb|Ciała czeczeńskich cywilów w masowym grobie Straty bezpowrotne (zabici i zmarli z ran + zaginieni) bojowe i niebojowe żołnierzy regularnej armii oraz formacji podległych rosyjskiemu MSW na Kaukazie Północnym od 1999 do 2009 roku według danych rosyjskich: