Kościół katolicki a ustasze Stosunki między Kościołem rzymskokatolickim a partią ustaszy sprawującą władzę w Niezależnym Państwie Chorwackim pozostawały niejednoznaczne i są przedmiotem dyskusji. Niezależne Państwo Chorwackie było w rzeczywistości nazistowskim państwem satelickim stworzonym w 1941 roku w okupowanej przez państwa Osi Jugosławii. Kościół od początku bronił żydowskich konwertytów na katolicyzm, ale nie stawał oficjalnie w obronie Żydów jako takich poddanych przez faszystowskich ustaszy prześladowaniom i wywózkom do obozów koncentracyjnychShelah (1989), s. 329., podejmował jedynie poprzez swoją dyplomację próby niejawnego wpłynięcia na rząd ustaszy w sprawie niemoralności i ludobójstwaPhayer (2000), s. 39.. Reżim ustaszy łączył katolicyzm z retoryką nacjonalistyczną – aby umocnić swoją władzę, ustasze absorbowali radykalny ruch katolickiBiondich (2007), s. 383..
Po początkowym entuzjazmie hierarchii katolickiej – na czele z biskupem Zagrzebia Alojzym Stepinacem – która z radościąKrišto (2007), s. 26.Biondich (2005), s. 81. przyjęła fakt powstania „niezależnej” Chorwacji, stopniowo, po kolejnych ekscesach ustaszy, przyszedł czas ochłodzenia stosunków na linii reżim-KościółBiondich (2005), s. 80.. Część znanych duchownych chorwackich poparła Ante PaveliciaKolsto (2011), s. 39., a nawet wzięła udział w zbrodniach przeciwko ludzkości, w tym zbrodniach na cywilach. Część księży była krytyczna wobec rządów ustaszy i wstawiała się prywatnie za prześladowanymi Serbami i Żydami.
Tło zdarzeń Utworzenie ponadnarodowej Jugosławii zostało pozytywnie przyjęte przez Kościół katolicki Chorwacji i Słowenii. Pomimo sprzeciwu części Kościoła, która wolała kontynuację Austro-Węgier, większość hierarchów poparła wizję zjednoczenia południowych Słowian. Mimo początkowego wsparcia, poparcie kleru zaczęło stopniowo topnieć. Według Kościoła katolickiego przez nowe rządy kler utracił dawne przywileje, a nowa władza jest wroga „obcym” (innym niż „narodowy” Kościół prawosławny) instytucjom religijnymBiondich (2006), s. 434.Kolsto (2011), s. 41.. Kontakty między hierarchią katolicką a rządem Jugosławii pogorszyło zabójstwo chorwackiego polityka Stjepana Radicia i ogłoszenie dyktatury królewskiej w 1929 rokuOgyanova (2009), s. 167.. Wśród duchownych popularność zdobywał radykalny nacjonalizm. Nacjonaliści chorwaccy skupieni w ekstremistycznej Chorwackiej Partii Prawa i w organizacji ich następców – ustaszy – pozostawali bliscy ideałom Kościoła, głównie z powodu niechęci do prawosławnych SerbówOgyanova (2009), s. 158. i traktowania katolicyzmu jako części chorwackiej tożsamości narodowejOgyanova (2009), s. 159..
W okresie międzywojennym zaostrzyła się rywalizacja między Kościołem katolickim a Serbskim Kościołem PrawosławnymShelah (1989), s. 323.. W większości katoliccy Chorwaci obawiali się, że wzrośnie polityczna władza prawosławnych, a tym samym ograniczona zostanie działalność ugrupowań katolickichOgyanova (2009), s. 166.. Po ustanowieniu królewskiej dyktatury Aleksandra I pozycja Kościoła chorwackiego mocno się zradykalizowała, szczególnie po porażce próby ratyfikacji konkordatu w drugiej połowie 1930 rokuBiondich (2007), s. 391.. Choć regionalne przywództwo Kościoła i Watykan starały się wzmocnić swoją pozycję poprzez negocjacje z rządem w Belgradzie, niższe duchowieństwo często wpajało społeczeństwu podobieństwo katolicyzmu i nacjonalizmu chorwackiego. Część z tych duchownych było słabo wykształconych, radykalizacja kleru zbliżyła tę grupę społeczną do ultranacjonalistycznych ustaszyShelah (1989), s. 324.. Ustasze jako samodzielny ruch skrajnej prawicy powstali w 1930 roku. Rząd Jugosławii starał się złagodzić nacjonalistyczne napięcia, szanować katolickie instytucje religijne i popierać umiarkowanych hierarchów kościelnych. Jednym z uważanych za umiarkowanych hierarchów był weteran serbskiej armii (front macedoński) Stepinac. Przez Belgrad postrzegany był jako zwolennik państwowości jugosłowiańskiej. Stepinac przyczynił się do poszerzenia autonomii Chorwacji w 1930 roku.
Wrogość do prawosławia, idei Jugosławii i zażarty antykomunizm chorwackiego Kościoła, przyczynił się do wzrostu sympatii pronazistowskich wewnątrz KościołaShelah (1989), s. 325.Biondich (2006), s. 438.. W całym regionie Kościół był konserwatywny i miał proautorytarną tradycjęOgyanova (2009), s. 161., tendencja ta ułatwiła powstanie szowinistycznych ruchów, które widziały Kościół jako sojusznika w walce z komunizmem i ŻydamiOgyanova (2009), s. 162.. Proklamacja „niepodległości” Słowacji (marionetkowe państwo nazistowskie) w marcu 1939 roku odbyła się dzięki wstawiennictwu hitlerowców, w wydarzeniu tym wielu Chorwatów zobaczyło potrzebę interwencji państw Osi, aby chorwacka niepodległość była możliwa. Już pod koniec 1930 roku bardziej radykalni duchowni widzieli w ustaszach chorwacki ruch niepodległościowy, a Kościół przejawiać zaczął coraz bardziej pozytywny stosunek do kwestii niepodległościBiondich (2007), s. 390..
Lokalny Kościół utrzymywał umiarkowany tradycyjny antysemityzm sprzyjający dyskryminacji Żydów i ich konwersji na katolicyzm. Nawet w okresie Jugosławii minister edukacji i katolicki ksiądz słoweński Antoni Korošec zatwierdzili i wprowadzili prawo numerus clausus. Pomimo rosnącej wrogości duchowieństwa wobec Żydów, których duchowni oskarżali o bolszewizm lub wspieranie rządu w Belgradzie, w ciągu dwudziestolecia wojennego nie podejmowano agresywnych działań antysemickich.
Utworzenie Niezależnego Państwa Chorwackiego thumb|Lider ustaszy Ante Pavelić i Joachim von Ribbentrop Zarówno Watykan, jak i chorwacki Kościół katolicki, entuzjastycznie przyjęły upadek państwa jugosłowiańskiego po jego klęsce w kampanii w kwietniu 1941 rokuShelah (1989), s. 326., także utworzenie Niezależnego Państwa Chorwackiego w 1941 roku zostało początkowo pozytywnie przyjęte przez hierarchię Kościoła i wielu księży katolickich. Nie brak było jednak obaw, błogosławiony Alojzije Stepiniac w dniu wkraczania niemieckich wojsk do Chorwacji, przyglądając się radosnym tłumom, stwierdził:
Ante Pavelić, przywódca ustaszy, znany był z poglądów prokatolickich i antyserbskich, uważał on katolicyzm za integralną część kultury chorwackiej. Dla ustaszy „stosunki z Watykanem były równie ważne jak stosunki z Niemcami”, Watykan był bowiem kluczem dla uzyskania szerokiego poparcia ustaszy wśród społeczeństwa ChorwacjiPhayer, 2000, s. 32.. Ante Pavelić w maju 1941 roku, tuż po zostaniu dyktatorem marionetkowej Chorwacji został przyjęty na prywatnej audiencji u papieża Piusa XII. Według Michaela Phayera, to po otrzymaniu błogosławieństwa od papieża, Ante Pavelić i ustasze rozpoczęli w Chorwacji ludobójstwoPhayer, 2008, s. 219.. Pius XII odmówił jednak zerwania stosunków dyplomatycznych z reżimem i ponownie spotkał się z Paveliciem w 1943 roku. Pius XII był krytykowany za jego odbiór Pavelicia; Foreign and Commonwealth Office, czyli brytyjskie biuro spraw zagranicznych określiło papieża jako „największego tchórza moralnego naszych czasów”Mark Aarons and John Loftus Unholy Trinity s. 71–72.. Z drugiej strony Watykan odmówił uznania państwa ChorwackiegoJagodziński K.H.M, Na przedmurzu chrześcijaństwa Błogosławiony Kardynał Alojzije Stepinac i Chorwacja, Kielce: Jedność, 2009, s 86., papież nie przyjął również delegacji chorwackiej, tylko przyjął na audiencję Pavelica. Pavelic był z tego powodu wściekły i o przyczynę tego stanu rzeczy oskarżył arcybiskupa Alojzijego. Watykan zgodził się jedynie na wysłanie do Chorwacji wizytatora apostolskiego o. Giuseppe Ramiro Marcone, który miał za zadanie informować Stolicę Apostolską o sytuacji religijnej w ChorwacjiJagodziński K.H.M, Na przedmurzu chrześcijaństwa Błogosławiony Kardynał Alojzije Stepinac i Chorwacja, Kielce: Jedność, 2009, s 89.. Marcone miał pierwszeństwo wśród korpusu dyplomatycznego, często brał udział w oficjalnych imprezach organizowanych przez reżim.
Watykan miał nadzieję, że ustasze pokonają w Chorwacji komunizm i nawrócą na katolicyzm 200 tysięcy osób, które po I wojnie światowej opuściły Kościół katolicki i przyjęły prawosławie. Ustasze ogłosili katolicyzm oficjalną religią ich państwaBiondich (2006), s. 439.. W liście pasterskim biskup Stepinac poprosił wiernych i duchownych o wspieranie nowego systemuBiondich (2006), s. 440.Kolsto (2011), s. 40.. W chorwackich kościołach odbyć się miała modlitwa o dobro nowego państwa.
Biskup Alojzy Stepinac w momencie powołania na stanowisko w 1934 roku był najmłodszym biskupem katolickim na świecie. Początkowo po przejęciu władzy przez ustaszy, otrzymał z Watykanu bardzo niewiele wskazówek, jak zachować się w nowej sytuacji politycznej. Jego kontrola nad niższymi biskupami i duchownymi nie była jednolitaPhayer, 2000, s. 34.. Stepinac po zbrodniach ustaszy w maju 1941 roku zaczął próby publicznego zdystansowania się od reżimuPhayer, 2000, s. 35.. Ostatecznie już po kolejnej fali ludobójstwa w lecie i jesienią 1941 roku, Stepinac „zdecydował się na ograniczoną reakcję”Phayer, 2000, s. 36.. Stepinac podzielał nadzieje duchownych, którzy uważali, że państwo Jugosławia była „więzieniem narodu chorwackiego”.
Stanowisko Stepinaca było radykalnie nacjonalistyczneGitman (2006), s. 50. i antykomunistyczneGitman (2006), s. 66., nie był on jednak sympatykiem nazistów. Próbował wpłynąć od zewnątrz na politykę reżimuShelah (1989), s. 327.. Stepinac był jednak zwolennikiem reżimu, a jego próby reform nie odnosiły skutków. W przeciwieństwie do niego, wielu biskupów chorwackich jeszcze intensywnej współpracowało z PaveliciemBiondich (2007), s. 393.. Jednym z największych entuzjastów ustaszy był Ivan Šarić, jego diecezjalna gazeta pisała m.in. o tym że Bóg stoi za ruchem chcącym „wyzwolić” świat od Żydów. Oprócz tego piał o tym że Żydzi są potomkami tych, którzy nienawidzili Jezusa, prześladowali go, a w końcu skazali na śmierć. Żydzi mieli doprowadzić Europę i świat do katastrofy, klęski gospodarczej i moralnej. Domagać się mieli dominacji nad światem. Šarić atakował też innych wrogów ideologicznych ustaszy, twierdził, że socjalizm i komunizm miał zostać zbudowany przy udziale Szatana. Šarić zajął majątek utracony przez Żydów i wykorzystał go do własnych potrzeb.
Rola Kościoła w przemocy ustaszy thumb|Biskup Alojzy Stepinac Natychmiast po dojściu do władzy ustasze rozpoczęli brutalną kampanię mającą wyeliminować te osoby, które uznali za niepożądany element, zwłaszcza ludność serbską, która uznawana była przez nich za zagrożenie dla nowego państwa. Zdarzały się przypadki, gdy duchowni katolicy uczestniczyli bezpośrednio lub pośrednio w kampanii przemocy ustaszy. Spotkało się to jednak ze stanowczą reakcją Stolicy Apostolskiej i Kościoła Chorwackiego, kuria generalna zakonu franciszkanów wezwała swoich członków do wycofania się z akcji ustaszów, a najbardziej winnych wyrzuciła z zakonu. Sekretariat Stanu Stolicy Apostolskiej wystosował ostre memorandum do władz chorwackich potępiające udział duchownych w zbrodniach. Najbardziej znanym przykładem duchownego uczestniczącego w zbrodniach ustaszów jest franciszkanin Miroslav Filipović-Majstorović znany jako „diabeł z Jasenovac”, za co został wydalony z zakonu.