Format FASTA – format zapisu sekwencji kwasów nukleinowych oraz białek używany w bioinformatyce. Nukleotydy (dla DNA i RNA) oraz aminokwasy (dla białek) oznaczone są jednoliterowymi skrótami. Format FASTA uwzględnia również możliwość dodawania opisów i komentarzy do sekwencji.
Format Dane zapisane w formacie FASTA składają się z pojedynczej linii tekstu zawierającej opis sekwencji oraz z kolejnych linii zawierających samą sekwencję. Linia z opisem rozpoczyna się od znaku "większe niż" (">"). Pierwsze słowo po tym znaku służy jako identyfikator sekwencji. Dalej w tej samej linii umieszczany jest opis. W kolejnych liniach znajduje się ciąg znaków składający się na sekwencję. Przykładowa sekwencje w formacie FASTA wygląda tak:
>Keratyna 5, egzon 2, Homo sapiens GTGCGGTTCCTGGAGCAGCAGAACAAGGTTCTGGACACCAAGTGGACCCTGCTGCAGGAG CAGGGCACCAAGACTGTGAGGCAGAACCTGGAGCCGTTGTTCGAGCAGTACATCAACAAC CTCAGGAGGCAGCTGGACAGCATCGTGGGGGAACGGGGCCGCCTGGACTCAGAGCTGAGA AACATGCAGGACCTGGTGGAAGACTTCAAGAACAA
Oznaczenia literowe Nukleotydy są oznaczane za pomocą: Symbol Znaczenie A adenozyna C cytozyna G guanina T tymidyna U uracyl R G A (puryna) Y T C (pirymidyna) K G T (grupa ketonowa) M A C (grupa aminowa) S G C (silne oddziaływanie) W A T (słabe oddziaływanie) B G T C (nie A, B jest po A) D G A T (nie C, D jest po C) H A C T (nie G, H jest po G) V G C A (nie T, V jest po U) N A G C T (którykolwiek, od ) X zamaskowany - przerwa nieokreślonej długości
Aminokwasy są określane za pomocą: Symbol Znaczenie A alanina B kwas asparaginowy lub asparagina C cysteina D kwas asparaginowy E kwas glutaminowy F fenyloalanina G glicyna H histydyna I izoleucyna K lizyna L leucyna M metionina N asparagina O pirolizyna P prolina Q glutamina R arginina S seryna T treonina U selenocysteina V walina W tryptofan Y tyrozyna Z kwas glutaminowy lub glutamina X którykolwiek * koniec translacji - przerwa nieokreślonej długości
Kategoria:Bazy danych Kategoria:Bioinformatyka